郑克臧深知到统治的基础是经济，所以在武定朝初步稳定了在江南、浙江、福建、广东等地的统治后，他下令着手的第一件事便是清理土地和户口。当然，清理土地的目的并不是为了效仿当年在东宁执行的无偿授土政策，而是希望通过没收“汉奸”家族的财产迅速积累起一大批直接掌握在明郑政权下的官田。
这数量惊人的官田一共三个用途。第一，是供奉给郑克臧作为内廷直接经济来源的王庄，日后郑氏开国，皇子皇女的爵田当由其中拨付。因此数目几乎占到了全部罚没土地的一半，并且郑克臧还不断下令将大量的山林充为王庄。
第二，是作为世爵的封地。郑克臧其实并不想在大陆范围内实施分封，但是目前海外殖民都督府并不成气候，若是仅直将功臣分封过去，那就不是褒奖而是流放了，故此他只能妥协的给予世代传承的永业田和永业林。又鉴于永业田和永业林是豁免田赋的，因此为了避免国家税收上的进一步损失，故而所有世爵的封地都不大，通常一位三等伯只有田千亩、山林三千亩，地位最高的一等侯也不过田百顷、山林千顷。
除了上述两部分的用途外，这批罚没的官田还将继续按东宁时期的政策分授给功民。所谓功民，自然就是指各个时期参加郑军的官兵，其中包括各个等级的显爵。不过由于罚没的大头已经被郑克臧自己拿走了，所以分配给这些功民的土地还包括官府原本掌握的荒地，这种荒地由于战乱的原因，数目颇多，自是不虞分配。当然为了体现功民与普通百姓的不同，鼓励投军，这些功民赐田在三十年内是免去田赋的。
由于郑藩一开始就免去了口赋人头税，现在又大量流失田赋，所以郑克臧只能脑筋打在工商（盐铁）业上。为此，他一方面以内廷亲自经营缫丝、织布、冶铁、瓷器、漆器、纸张、糖、酒等商品生产，另一方面为了鼓励民间发展工商业，郑藩还采取了降低了税率，取消境内所有的钞关，撤销江南三织造，默许大户兼并，禁止官方和买等政策。
海贸和关税收入更是明郑政权维持现阶段财政不破产的关键所在。
根据郑克臧的指示，在广东的廉州府划归广西之后，沿海各省分别拥有钦州、广州、厦门-泉州、宁波、松江五个主要对外的贸易口岸，温州、兴化、澎湖、雷州等地也对泰西客商开放。此外郑克臧还开放了对日、朝的贸易，虽然专营权的失去使得内外藩库因此蒙受了不小的损失，但却促进了船只的销售和沿海经济的进一步繁荣??????
武定四年二月，宁阳侯郑明过世，临死前，郑明请求郑克臧赦回避居日本的郑智等人，对此，基业已经稳固的郑克臧并没有拒绝。但是意外的事情发生了，前往日本召回郑智等人的使者并没有把他们带回来，来的反而是幕府的使臣。
鉴于郑藩在日本广泛销售阿芙蓉，造成相当一批中、高级武士萎靡不振和大量金银外流，幕府对此深恶痛绝。掌握幕政的柳泽吉保在断然宣布禁绝烟馆的同时下令没收“唐船”所载的鸦片膏，不过鉴于中日贸易的重要性，日本不得不遣使来解释这一问题。此外，日方还提及降低丝价以及偿还到期借款等几项关西豪商极度关切的问题。对此，郑克臧尽管十分恼怒日方扣留郑智等人的作法，但在清廷尚未服输，中日贸易如火如荼的时候，也只能生生隐忍了。随即，总理蕃洋列国事务衙门奉命展开了旷日持久的对日谈判??????
康熙三十五年四月，在得到朝鲜资助的第一批十万石稻米后，有了充足军粮的清军遂在多罗平郡王讷尔福的统领下，以二万五千旗兵越过鸭绿江，经义州直扑平壤。朝军猝不及防，接连失地，在短短半个多月的时间里，势如破竹的清军已经打到了汉江畔。
此时的朝鲜方面已经慌乱一团，朝王李焞先是逃亡江华岛，而后因为觉得不甚保险，转而逃亡庆州。留在汉城的议政府接连向清军遣使求饶，但清军置之不理，不得已，朝方只能召集各路兵马勤王。可是之前的大军已经解散，在春季农忙的时候根本无法立刻召回，而各地守牧面对气势汹汹的清军又底气不足，因此勤王大军迟迟不到。
眼见得清军要渡过汉江，朝鲜方面忙不迭的派使赶往济州岛，希图以彻底割让济州的代价换取郑藩出兵。不过，使臣还在路上，清军已经攻下了汉城，并在城内大肆奸*淫掳掠，将近百年来朝鲜王室官府的积蓄悉数掠往北京。
听到清军出兵朝鲜，担心尚未完工的淮河防线防务的郑克臧终于松了一口气。
于是，郑克臧便利用这个空档期对现有的陆师体制再次做了微调。
根据新的体制，一个班为十一人；一个队为三十五人；每个哨辖步铳队两个、白兵（掷弹兵）队一个，另外还有一个火头军班，合计一百二十人；团一级这次也被压缩为只辖三个哨和一个缁兵队计四百二十五人；三个团及一个炮军哨组成旅，每旅一千四百五十人；以这样的三个旅并炮军团、缁兵团、中垒团各一，中军一部编组为师，如此，每师差不多六千人。
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