崇祯五年七月初四，用了一整天的时间清理剩下的半个种子岛。在清理过程中发现那个管理琉球海上贸易和外交的馆舍就在种子岛，馆舍中有琉球的官员，也有日本的官员。
对日本的官员拉出去枪毙就是了，也不用废话。琉球的官员被送到了吴盛有那里，吴盛有很高兴，有了琉球的官员很多事情就好处理了，具体这些琉球官员是那一派就不管了，反正他们能办事就行，如果他们敢在国防军眼皮底下办亲日的事情，就立即处理。于是，吴盛有告诉他们：
我大明国防军奉命维护琉球属国的地位和权益，出兵驱逐日本侵略者，收复的国土还要琉球国自己管理。现在你们就是琉球国官府的代表，立即执行你们的职责，恢复、建立岛上的政权，管理这里的政务。并且要求你们派出官员，跟随我们的舰队，逐一收复琉球北方被占领的岛屿。
当前第一个任务就是协助我们清理岛上的居民，把他们中间的日本奸细清理出来，其他的居民就可以恢复正常的生活了。组织人力修复战火毁坏的家园。
琉球的官员自然是喜出望外，谁愿意当亡国奴呢？对于国防军更是千恩万谢。
有了琉球的官员，人员的清理就顺利多了。罪大恶极的日本人，琉球奸细，全部处以死刑，立即枪毙，其他应该释放的日本人，则装上一艘武装商船，押送回日本，这里到鹿儿岛非常近，最多一个小时的航程，由一艘炮舰护送，驶向那个昨天被攻击的海港。
没有想到这么一个简单的事情还是出了岔子，下了船，踏上日本码头的一群倭寇，虽然是老弱妇孺，也是转回身来，对国防军破口大骂，有翻译在，国防军也知道他们在骂什么，于是国防军也开口了，不是用嘴，而是用机关枪开骂，只是一梭子子弹骂人的就都打成了筛子，这一回都老实了，不少日本人开始冲着国防军的船只鞠躬行礼，这帮贱骨头，狠狠地打一下子，就成了三孙子。
两天后七月初六。
大隅海峡方面依然是两艘炮舰，配合两艘炮艇执行警戒、封锁任务，事实上自从开战以来，这条封锁线始终没有撤离。
采用同样的办法开始清剿屋久岛。以台北号巡洋舰、护3号、炮1号，三艘军舰为主，辅助两艘炮艇，团团包围并封锁屋久岛，但是并没有炮击屋久岛上的目标。
屋久岛基本是个圆形的岛屿，大小方圆60里，它具有一般岛屿的特征，那就是山地的地形，几乎没有平地，所以岛屿虽大，却没有几个人。岛上的平地都集中在岛屿的边缘，以西侧为最大，所以也只有在西侧有大的集镇和码头，这个集镇的位置有一个小小的海湾，其他位置只有散落的几户人家和一些极小的村子。
这个岛地形复杂，但是处理起来却比较容易。只要把兵力集中在西部，选择南北两个登陆地点，登陆之后，南北夹击，把这个岛上的最大的小平原清理一遍，会和的地点就是这个小小的海湾，炮艇也可以驶入海湾支援作战。
这个海湾上的小镇名叫“安房”，清剿了安房就算完成任务了，其他地点估计不会有日本人，即便有一两个漏网者，他也翻不起大浪。
几艘舰艇团团包围了屋久岛，重点就在安房这个位置。
由于登陆艇母船只有一艘，所以首先在南侧选择一个地点登陆了第一连，登陆时间是早上7点，由于没有码头，重武器无法卸载，所以只是轻武器登陆，但是沿海都可以有炮舰支援，所以并不缺少火力。
一个半小时之后，在北部又有二连登陆，船上还有一个陆战三连，准备在安房的战斗打响之后选择合适的位置登陆支援。
南边这一连进展很顺利，他们的登陆地点到攻击目标只有十里，所以只是一个小时多一点就到达了安房的南侧，炮舰1号也迫近支援。
但是这里几乎没有发生战斗，因为这里没有日本军队驻扎，只有个别的武士、浪人，这些无组织的武人就是乌合之众，并且数量极少。
这个小小的海峡就是一个河口，水面宽阔处有300米，狭窄处也有100米，小镇的主要部分都在北岸，南边的这一个连清理了南岸不多的民居之后，暂时过不去北岸了，绕路或者渡船都需要时间。
这时吴盛有命令后备的三连进入海峡，在北岸登陆，然后登陆艇再接南侧的一连进入海峡北侧。
既然日本没有驻军，屋久岛终于以比较和平的方式占领，只是击毙了不到20人的日本浪人、武士。
琉球的官员随即登岛，协助清理，恢复政权，这里没有日本的军队，却是有日本官员，这些日本的官员照例全部枪毙。老弱妇人的日本人用武装商船押解回日本。这次有了经验，日本人下船上岸的时候，机关枪就做好了准备，只要日本人一开骂，立即机枪扫射。
处理了种子岛、屋久岛之后，北方就剩下十几个小岛了，这些岛屿即便有人，也很少，相对清理容易，一个班，最多一个排就可以清理一个岛屿。
收复了琉球北方的岛屿之后，琉球战役的第一阶段就算完成了。下一步就是在北方安排驻军，具体的就是在种子岛驻守一个连，和一个小舰队，继续封锁日本和琉球之间的交通。另一个任务就是进驻琉球本岛和奄美大岛。进驻本岛还带有政治任务，就是面见国王，处理琉球的关系。
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