毕方济之所以这么重视这两千部西书的下落，根本在于他是一向主张走上层路线传教，也是“学术传教”路线，通过传播学术的手段来发展信众。
毕方济本来就是走上层路线的大高手，若干年后他不但获得了南明隆武帝的极大信任，中国天主教在这一路线的指引上甚至通过瞿安德神父有了一个在中国天主教历史绝无仅有的成功典范。
趁着永历帝在外地的机会，瞿安德神父成功对整个永历帝的整个宫廷进行了洗礼，从两宫太后到皇后甚至太监都受洗成了天主教的信徒，永历帝事后也不得对这个事实予以默认。
几个月之后，瞿安德又对皇太子进行洗礼，让天主教觉得自己可以借中兴之功而在中国生根茁壮发展壮大,甚至培植出第一位信奉天主教的中国皇帝，。
正因为毕方济是上层路线的大高手，因此毕方济也对两千部西书被盗造成的威胁特别敏感。
徐光启、孙元化等许多缙绅都是这种“学术传教”路线所获得的丰硕果实，而一名缙绅入教往往就代表着整个家族甚至几个缙绅家族成为天主教的忠实信徒，而“学术传教”之所以能取得成果在于东西方科学技术上的极大落差，不管是人文科学、自然科学还是军事科学，欧洲都领先中国几百年。
天主教虽然在欧洲处于被动局面，但是在中国却是以文明与知识的领路人而自居。
而七千部西书来华，可以说是“学术传教”路线的顶点，金尼阁是费尽了九牛二虎之力用尽了全部热情在欧洲奔波逾年才办成了这么一件大事。
虽然由于南京教案的影响导致七千部西书入华以后并没有发挥足够的影响，但是所有在中国的西方传教士不管是不是学术传教路线的支持者，都认为这七千部西书与其包含的西方知识是中国天主教团的最大财富。
但是这两千部西书的遗失却可以说是打断了中国天主教团的幻想，让他们清楚得认识到现在不仅仅是他们意识到西方科学技术的真正价值，天主教的敌人同样企图想走学术传教的路线。
不然天主教的敌人根本不会关注这些他们可能根本看不懂的书籍，藏在上海的两千部西书都是拉丁文、意大利文与法文，整个中国能看懂并翻译这些书籍的明人很可能不超过一百位，对于绝大多数中国甚至是中国的官僚们来看，这两千西书根本毫无任何价值。
可是王真洁既然放弃那些价值更高的金银珠宝，而是直接从徐光启家中劫走这两千部西书，就代表她手上不仅仅认识到这两千部西书的真正价值，而且手上也有一批能够翻译解读并开发利用这两千部西书的精英人才。
她与她背后的教团跟那些对天主教一知了解等于盲人摸象的邪教徒不同，对天主教即使不是了若指掌也是知之甚深，他们本来就是中国的本土教门最接地气，若是走学术传教的上层路线就等于打断了天主教的脊柱。
而孙元化则是回答道：“多半是与海北镇有关，除了海北镇，谁会对这两千部西书有这么大的兴趣？而且这两千部西书运到上海本来就是作为与海北镇谈判的筹码。”
大多数中国士大夫和官僚并不知道这七千西书是什么，也不愿意深入了解这七千部西书的真正价值，即使有个别士大夫知道这七千部西书，也以为是奇淫巧技不上大雅之堂，当今中华之世，真正十分看重这七千部西书的大人物只有海北镇的柳鹏柳总兵。
但是这位柳总兵可不是天主教眼中最合适的合作对象，虽然他在自己的土地不断引进西方技术，并有多位欧洲顾问替他效力，可是柳鹏对天主教了解很深而且有着很深的警惕心，因此他提出的合作条件也让天主教觉得左右为难。
双方虽然都有合作的诚意，但是谈判一直进行不顺利，而且伴随海北军发展的蒸蒸日上，海北军提出的合作条件也变得越发苛刻起来。
但不管海北镇提出怎么样的苛刻条件，毕方济都认为柳鹏是天主教在中国最合适的合作对象，即使柳鹏坚持自己后宫如云，绝对不会加入主张一夫一妻的天主教，但是毕方济仍然对柳鹏寄以厚望。
正是因为在毕方济的坚持之下，中国天主教团才会从澳门转移两千部西书到上海，没想到这批西书抵达上海没有多久就被王真洁劫夺而去。
而孙元化所说的这一切却是毕方济最担心的现实，这位叫作王真洁的魔女可能用这批西书作为筹码跟柳鹏达成进一步合作，因此他只能下了决心：“我会请丁宫丁专员帮我打听这批西书的去向，他虽然不是天主教徒，但却是我们的老朋友！”
只是孙元化却是毫不客气地说道：“毕方济神父，您不应当对这些异教徒抱太多的幻想，你应当把全部的希望寄托在保禄身上，他将有一番惊天动地的大作为，保禄才是圣教在中国最重要的柱石！”
保禄就是徐光启的圣名，也是圣教三柱石中最重要的一位。
孙元化继续诉说着他对于海北镇的种种不满：“海北镇虽然说愿意与我们好好谈判，但是他却要求我们把七千部西书全部转移到龙口去，虽然可以继续在我们的控制之下，但是我们不能阻止他们利用这些西书，甚至还要全力他们翻译出版这些西书！”
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