所以，虽然看起来东亚及东南亚诸国都是大明的藩国，但这些藩国除了不定时间的朝贡贸易外，基本上并不承担对于大明的其他政治义务。
当冯铨把海关事务理顺之后，对于外洋诸事务究竟要干些什么，顿时就有些茫然不知所措了。而总理衙门之下的东海、台海、南洋三个巡阅府，万生石塘、西贡、望乡（即巴拉望岛）三个镇守府，今后要如何去约束他们，冯铨也要搞清楚皇帝的意图。
毕竟大明从来没有巡阅府、镇守府这种衙门的设置，而且还是拥有独立武装和行政机构的地方政府。事实上真要拿来比喻的话，也只有宣慰司和土司衙门可以差相仿佛。
不过很显然，皇帝并不是真的想要弄出几个不受管制的海外土司出来，否则就不会建立总理衙门来管理这些新衙门。但是接下来要如何管理这些单位，才是让冯铨头疼的事。
此外这些新衙门在海外同大明的藩国发生冲突，或是同那些西洋商人发生矛盾，被人告到总理衙门的时候，他又应当做出什么反应。因此，冯铨才希望能够得到崇祯更为明确的指示。
对于冯铨的要求，朱由检思考之后，便做出了如下的答复。首先对于巡阅府和镇守府，总理衙门肯定是要加强监管的。虽然现在这些巡阅府和镇守府都是一个个独立的小王国，朝廷委派的人员很难获得他们的信任。
但是冯铨可以举办一个学校，定期从各巡阅府和镇守府挑选出人员进行培训学习。这些前海盗也好，前海商也好，都没有处理政事的经验，因此他们必然是要依靠朝廷替他们培训行政人员的。
而总理衙门只要确定了合理的培训制度和升级制度，那么不管那些海商或海盗的首领有多大的威望，也阻挡不了朝廷对于各巡阅府和镇守府的人事渗透。只要总理衙门掌握了各巡阅府、镇守府的人事权力和财政权力，那么就算他们还拥有一定的武力，也对朝廷构不成什么威胁了。
对于各巡阅府和镇守府在日常活动中同藩国或是外国发生冲突事件时，总理衙门应当持有什么态度。朱由检的态度就很明确了，首先要先确定巡阅府和镇守府的官兵是否在维护大明主权和领土的完整，是否在维护大明的利益，如果是的话自然是毫无条件的站在巡阅府和镇守府的一边。
如果他们只是为了自己的私利引发了冲突，那么就要看对方是谁。如果对方是琉球、渤泥、暹罗、朝鲜王国，那么自然要公正合理的进行处理。
如果是其他国家，那么就以平息事件为优先考虑。但是不管怎么处理，都需要遵守两个基本原则，一是把当事人的行为同朝廷及巡阅府、镇守府的关系撇开，不允许对方把攻击面上升到对大明政府名誉毁坏的程度。
二是如果冲突的责任真的在大明这方的话，可以赔款道歉，但是决不允许对方引渡和审判大明这方的人员。
除此之外，朱由检还顺便提了提，他希望总理衙门成立之后，能够先派出几名大使，前往朝鲜、琉球、渤泥、暹罗、日本、菲律宾、巴达维亚、万丹等地，了解当地的风土人情，并负责大明同这些国家的文化和政治交流，顺便保护前往当地进行贸易的大明商人。
而崇祯之所以来见许心素，除了想见见艾达之外，便是希望许心素能够协助总理衙门派出的人员，在朝鲜、日本、琉球建立使馆，以完成他们的使命。
朱由检最后对许心素说道：“在朝鲜、日本建立使馆的问题应当不大，但是朕比较担心的便是出使琉球的事务。
据朕得到的情报，似乎琉球王国已经被日本的萨摩蕃给征服了。所以当大明使者前往琉球建立使馆常驻时，也许会受到日本人的阻扰。
短期之内，我们和日本还需要保持良好的贸易关系。所以，朕需要你派人对出使琉球的人员进行保护，只要不扩大成为大明和日本之间的战争，在琉球你可以对日本人的挑衅作出任何反应，不管怎么样，今年以内我们都必须在琉球建立一个立足点…”
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