虽然这种加封是“不预所升职务”的，但在一定程度上也是对六部职权的侵犯。时人对此也曾明确指出其有违祖宗之意，“大学士五品尔，如欲加于六卿，则何不崇其阶衔也”。
这种加衔虽然破坏了对内阁的限制，但是显然在一定程度上给予了其干涉六部事务的便利，进一步强化了内阁对六部尚书的制衡。
另外，内阁建立之初的选任方式也与六部官员有明显差异，内阁基本都是以直接从翰林院官员中选拔为主，甚至因此曾选择部分新科进士与翰林院官员于内阁观政，作为阁臣的预备者。这一条到如今万历年间也依然存在，即所谓观政进士是也——他们的共同特点其实并不是“进士”，而是“翰林”，绝没有不是翰林却做了观政进士的。
对此种情况，《明实录》中较为明确的记载大概有两次，第一次是在永乐二年(1404)左右，当时新科进士中的一甲与庶吉士的28人“就文渊阁进其学”，最终三年考满之时，彭汝器、王直、余鼎等人得以留任。
第二次是在宣德九年(1434)八月时，“命行在翰林院修撰马愉、陈询、林震、曹鼐，编修林文龚、锜钟复、赵恢，大理寺左评事张益，同庶吉士萨琦、何瑄、郑建、江渊……三十七人，于文渊阁进学”。
文渊阁是阁臣入直办事之地，这两次进学实质是内阁为挑选接班人而进行的，其中较为明确的是，王直曾长期在内阁撰写诏书，马愉、曹鼐在杨士奇、杨荣致仕后入阁预机务，可见当时内阁迁入的惯例是以翰林院官职为主，这在正统以后也继续沿袭，“故正统年间陈循、高谷、苗衷、马愉、曹鼐以学士入，张益、彭时、商辂以修撰入，则旧意犹存可考也”。
这种直接从“词臣”或者说“史官”选拔入阁的方式，显然重视的是秘书性职责，“盖朝廷用入阁者皆出翰林，翰林之选文字而已，非尝考其行也”。
这与六部尚书选拔注重行政能力是截然不同的，这时期的六部尚书中像何文渊、王翱、李秉等都是经过地方与中枢的行政历练，从知府、推官等地方官升迁至中枢后，累迁至尚书之职的。
刚才曾说，如果按照过去的规矩，高务实做了户部尚书，基本就绝了入阁的路，这和早几年高务实外任广西巡按时被很多人看衰是同一个道理，这是有例子的。
有一个非常典型的代表人物，就是曾担任过吏部尚书的王直，他的仕宦经历充分体现了内阁与六部尚书的制衡性。
王直，江西泰和人，永乐二年(1404)进士，授庶吉士并“事文渊阁”。他也是内阁成立以来第一批选拔入阁观政学习的新科进士。最终三年考满之时，王直得以继续留任内阁，“俾属草”。
当然严格意义上讲，王直并非真正的阁臣，没有殿阁大学士的名与实，仅可以看成是阁臣的候补。
王直的内阁生涯一直持续到正统五年(1440)左右，入阁三十余年，不论是文采还是能力，都备受推崇，“中外咸倚重之”。而且杨士奇、杨荣等阁臣在正统时年事已高，即将致仕，王直又与杨士奇有同乡之谊，成为正式阁臣本来是水到渠成之事。
但是意外发生了，王直此时与杨士奇发生了嫌隙，杨士奇之子杨稷“居家暴横，乡民甚苦之”，王直曾就此提醒杨士奇，不料杨士奇却被其子蒙骗，认为“抑庵(王直)忌其功名，妄为此语”，由此嫉恨王直，随即将其排挤出内阁。
王直出阁后担任礼部侍郎，随后于正统八年(1443)升迁为吏部尚书，并一直任职到天顺元年(1458)。任职期间，杨士奇于正统九年(1444)病逝，而内阁马愉、曹鼐、陈循、苗衷、高谷等人的地位和威望均无法与其并列，且自景泰二年(1451)开始，由于王直年老体衰，先后任命何文渊、王翱为吏部尚书辅佐管理部事。
可以说，王直入阁的所有阻碍已经基本清除。但实际情况是，王直此时仍旧担任吏部尚书之职，与宣德时期的吏部尚书蹇义、户部尚书夏元吉解部事以备顾问大体相同，也就是说，此时的官员若先升尚书，则无入阁之机会——因为此时的内阁，整体上来说还是“秘书”这个属性更重。
王直晚年对此也曾感叹道:“西杨不欲予同事内阁，出予理部事，当是时不能无憾。”结合王直的仕宦经历，这种遗憾在针对杨士奇的同时，显然也与当时的政体阻断其回归内阁之路不无关系。
此外，内阁在正统时期获得的“票拟”之权，与六部尚书的行政权也具有很强的制衡性，对此解释最为精辟的要属高拱。
高拱在《三乞天恩辞免兼任疏》中提到：“我国家之事，皆属部臣题行，阁臣拟票。或未当，则为之驳正;或未妥，则为之调停。不嫌异同，务在参伍。所以事多得其理，而人不敢为奸，是阁之与部不容混而一也……
春芳既解任去，而臣又忝居二辅之先，若仍领铨务，则自所题行，自所拟票，驳正调停终为未便，是谓以水济水，谁能食之……
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