公元前40年春二月，汉元帝下诏书说：“朕继承至尊之重，不能治理保护百姓，多次遭遇凶兆。加上边境不太安宁，师旅暴露在外，百姓交纳赋税、转运粮草，万民骚动不安，穷困无路的人被迫犯法判罪。上面失掉治理之道却加大对下面百姓的刑罚，朕感觉痛心疾首，现在就大赦天下，所有给贫民的贷款不要再收取债务。”
三月，汉元帝来到雍城，祭祀五畤。夏六月甲戌日，汉宣帝的陵园东阙发生火灾。
戊寅晦日，发生日食。汉元帝下诏书说：“大概听说过明王在上，忠贤尽职，就会群生和乐，方外蒙泽。朕现在不明白王道，夙夜忧劳，却弄不通其中道理，每遇到事情就拿不定主意，每听到奏报就犹豫不决，所以政令不能贯彻始终，民心未得，邪端异说趁机而入，很多事情都没有成功，这些天下人都听说了。公卿大夫施政用人只凭个人好恶不同，有的甚至趁机使用奸邪作恶，侵夺剥削万民，百姓到哪里寻求平安归命！前者六月晦日发生日食。《诗经》中不是说过了吗：‘今此下民，亦孔之哀！’从今以后，公卿大夫要勤勉思考上天告诫，谨慎修身为政，以便弥补朕为政的缺失。大家有话尽管直说，不要有所隐讳。”
九月戊子日，裁撤掉卫思后和戾太子的陵园。冬十月乙丑日，裁撤掉在郡国的祖宗宙宇，把汉室诸陵分别归属三辅管辖，把渭城寿陵亭部原上作为汉元帝的初陵。汉元帝下诏书说：“安土重迁是黎民的本性，骨肉相附是人情所愿。前不久，有关部门出于臣子之义，奏请徙迁郡国民前去侍奉园陵，让百姓远弃先祖坟墓，破业失产，亲戚别离，每人都怀有思慕之心，家有不安之意。这样一来，关东就会受到虚耗伤害，关中会增加很多无聊之民，这不是长久之策。《诗经》中不说过了吗：‘民亦劳止，迄可小康，惠此中国，以绥四方。’现在的初陵，千万不要设置为县邑以便让天下人都安土乐业，不要生出动摇之心。特此布告天下，让百姓明了朕的想法。”接着又裁撤掉为父母奉守的县邑。
公元前39年春正月，汉元帝来到甘泉宫，效祭泰畤。三月，汉元帝来到河东，祭祀后土。秋，颍川河水泛滥而出，淹死很多百姓，迫使很多人流亡。官吏和从官县家中有受到火灾的，都允许回家探望，有关士卒遣返回家。冬，汉元帝来到长杨射熊馆，布列车骑，进行大规模围猎活动。十二月乙酉日，大火烧毁了太上皇、汉惠帝的寝庙园。
公元前38年春三月，汉元帝来到雍城，祭祀五畤。秋八月，有白蛾成群飞起，遮天蔽日，从东都门一直到枳道。冬，河间王刘元有罪，废掉王位后迁徙到房陵。裁撤掉汉文帝太后和汉昭帝太后的寝园。
公元前37年春正月，汉元帝来到甘泉宫，郊祭泰畤。三月，汉元帝来到河东，祭祀后土。增加三河大郡太守的俸禄，因为该郡是十二万户口的大郡。夏四月，汉元宣布大赦天下。六月，汉元帝封皇子刘舆为信都王，闰月丁酉日，太皇太后上官氏去世。冬十一月，齐、楚两地发生地震，降下雨加雪，树折屋坏。
淮阳王的舅舅张博、魏君太守京房因为窥测引导诸侯王奸邪，泄漏皇宫秘密，张博被腰斩，京房被斩杀弃市。
公元前36年夏，汉元帝下三辅都尉、大郡都尉的俸禄都为两千石。六月甲辰日，丞相韦玄成去世。秋，朝廷派护西域骑都尉甘延寿、副校尉陈汤假借皇帝的命令，调动戊已校尉屯田吏、军士以及西域胡人军兵进攻郅支单于。冬，斩杀郅支单于，把首级传送到长安，悬挂在鸿胪客馆外门示众。
公元前35年春正月，汉元帝因为诛杀郅支单于告祭郊庙，大赦天下。群臣上寿祝贺，汉元帝大摆宴席，将征讨郅支的图画展示给后宫贵人观看。
夏四月，汉元帝下诏书说：“朕承先帝休烈，夙夜战战栗栗，唯恐不能胜任。前者阴阳不调，五行失序，百姓饥馑。为了解百姓的失业情况，临时派遣谏议大夫博士赏等二十一人巡视天下，抚恤慰问耆老、鳏寡孤独、乏困和失业之人，举荐茂才和特殊才能之士。相、将、九卿们，大家都不要有丝毫懈怠，以便让朕观察教化习俗情况。”
六月甲申日，中山王刘竟去世。蓝田的沙石堵塞了住霸水，安陵岸边崩塌的石头堵塞住泾水，导致河水倒流。
公元前34年春三月，汉元帝下诏书说：“大概听说过明王治国，申明好恶标准才能让百姓遵循，崇尚礼仪才能让百姓执行，所以法令既然而百姓从不违犯，法令施行而百姓听从。现在朕蒙获保守宗庙，兢兢业业，不敢有丝毫懈怠，但却因德薄而法理不明，教化浅微。《论语》中不说过了吗：‘百姓有过，在予一人。’现在就大赦天下，赏赐百姓一级爵位，女子每百户一头牛、酒，三老、孝悌、力田者帛。”
汉元帝又下诏书说：“现在正是春耕时节，农民要植桑种地，大家都尽全力去拼抢时间，所以本月要努力规劝农民耕种，不要延误农时。现在有些不良官吏，因为些鸡毛蒜皮的小案件，动不动征召百姓作证到庭，办一些不急不火的事情，妨碍百姓，让百姓失掉耕作时节，导致全年没有收成，公卿大臣要明察这类事情，坚决下令禁止。”
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