提起《尼尔·机械》，简单概述而不考虑前情的话，那就是人造人和外星机械生命体之间的无线战斗。人造人被感染了病毒的人类创造出来，就只接受了一个指令——“守护人类”，但后来人类灭绝了，人造人们失去了活下去的意义，士气大跌，而同时，外星人入侵地球，派出机械生命体入侵地球。
人造人利用机械生命体的核心制造出“黑盒”，进而建立了“尤尔哈”部队，为了早已不存在的人类，而进行无休止的“地球夺回作战”，其中那句”人类，永垂不朽“也算是相当讽刺的了！也给人一种淡淡的悲哀。
但人造人的目的并不是这么简单，当他们为下一代人造人收集足够的数据后，将会开启太空堡垒（月球轨道基地），引领机械生命体彻底消灭掉所有尤尔哈部队，所以可怜的尤尔哈部队，只不过是人造人手里的一枚棋子罢了
而人造人觉得如果尤尔哈部队和自己用着同样的AI，最后要杀死他们会很没人道，这才使用的是机械生命体的核心。所以从一开始，尤尔哈部队就是要被消灭的而被创造的。这也是整部游戏中特别特别重要的一个剧情，后面的矛盾爆发都从此而来。
那么既然是敌人的核心，就一定会存在使尤尔哈部队本身叛变的可能，这也在剧情里得到了体现，尤尔哈部队轻易地染上了机械生命体的病毒，为此尤尔哈部队建了一支纯粹清除叛徒的小组，代号为E（execute处刑）
这就是游戏的主角2B小姐姐了，其实她真正的名字是2E，2B只是执行任务的一个代号。
2B小姐姐在背叛者支线里，能轻松的清除掉8B，22B，64B。而2B小姐姐最终的目标其实是9S，9S作为最新一代的S型机体，综合能力很强，尤其是黑险。
但尤尔哈部队存在义体，所以每次9S知道秘密后会被2B小姐姐清除掉，抹掉记忆，再一次作为部队的棋子进行战斗。
在序章9S和2B小姐姐就不是他们第一次相遇了，从2B小姐姐让9S不要叫敬语（但不要求通讯员去掉桑），这也算是一个铺垫了。在其中一个结局也已经证实了，在一次次与9S的相处中，2B对9S已经产生了感情。当初通关，打到这个结局时，林焰内心也是深受感动的。
另一边，机械生命体机械生命体和人造人一样，也有一个被赋予的使命，他们的使命是“打败敌人“但原本没有情感的机械生命体逐渐有了自己的意识，而他们的造物主外星人对此有所干预，不愿自己的工具产生情感，于是机械生命体将外星人定位了“敌人”，杀死了自己的主人
杀了外星人，机械生命体的“敌人“只剩下人造人了，但为了不让这个使命消失，他们决定只是”打败”而不是消灭，这就决定很矛盾，为了解决这一矛盾，机械生命体又开始了进化，并黑进了所谓的人类月球服务器，得到了人类的资料，并以此进化出了红衣萝莉来继续接来下的剧情发展。
脑海中仔细的想着这些，林焰也在思考着这个游戏的真正内核。
毕竟，剧情发展是RPG游戏最重要的部分。
仙侠是情缘和宿命，黑魂是生死与战斗，那尼尔机械纪元呢？
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