朝庭不知道的是甘肃并没有全境落在唐军手里，此时嘉峪关还在官军手中，马维兴拿下兰州后停了下来，只是派出人员前往甘肃以西的永昌，山丹，甘州说降，这三处地方见事不可为，爽快的降了，唯有去嘉峪关的人毫无所获，反被守将扣住。
听到此事，唐军都义愤填膺，要求马维兴马上发兵，拿下嘉峪关，却被宋献策止住，嘉峪关是万里长城西端主宰，始建于明洪武五年(1372年)，从初建到筑成一座完整的关隘，经历了168年（1372－1539年）的时间，是明长城沿线九镇所辖千余个关隘中最雄险的一座。
嘉峪关自建以来，屡有战事。明正德年间的1515－1522年，吐鲁番满速尔兵数犯河西。当时嘉峪关只是座孤城，以致满速尔兵两破关城，并屡掠附近诸部民众牛羊。直到1539年嘉峪关建成为一座完整的军事防御工程后，关城锁阴边陲，又有明墙暗壁相合，才真正成为固若金汤的天下第一雄关。
唐军在不到二十天的时间里拿下一省之地，许多地方都是主动投降，马维兴只留下小部兵马，大部份原明朝官员都得以留任，若有点风吹草动，恐怕许多地方都要反复，宋献策劝马维兴停下来，是怕嘉峪关的险峻，若是不能快速攻下，徒损士卒事小，惹得以前的地方反复事大，还是先把占领的地方巩固再说。
另一方面宋献策也在等待贺景的到来，现在的各种补给都已快跟不上了，贺景来后，补给也会跟着来到，唐王的犒赏也可以大大提升士气，对嘉峪关一座孤城，反而不用太放在心上，现在不能说降，等他们的补给没了，不降也不行。
嘉峪关的守将为林日瑞，林日瑞原名日烺，因避东宫太子慈烦讳，改名日瑞，若历史没有改变，他会在崇祯十五年，升任甘肃巡抚、都察院右副都御史。崇祯十六年，贺景攻下兰州后，进遏甘州，围城半月，城破，在巷战中被俘，拒降。在崇祯十六年十二月被贺景凌迟处死。
此时他却还只是一个都司，手下只有三千将士，但都是经久战阵的精锐之士，从林丹汗被皇太极击败，逃到青海以来，为了取得补给，林丹多次率军攻打嘉峪关，妄图攻破嘉峪关进入甘肃抢劫，最多时出动了二万人，都被林日瑞依托坚城，粉碎了林丹的梦想，据说林丹是忧愤而死，除了不能打败皇太极外，恐怕在只有三千人的城下屡次吃瘪也不无关系。
马维兴派出去劝降的是原甘肃的总兵杨麒，马维兴兵围兰州后，董学礼进城劝降，杨麒亲手将肃王府的人捆绑后献城，得到马维兴的夸赞，这次在他看来，说降一个小小的都司，易如反掌。
林日瑞一见杨麒，就想将他杀了，身为朝庭的总兵，城中尚有一万多人，未出一兵一卒抵抗，还把肃王捆绑献给唐军，如此不忠不义之人，留下世上有何用，杨麒大为恐惧，他本来就怕死才会投降，没想到这个低自己数级，以前在自己面前连座位都没有的人不但对他破口大骂，还想杀他，杨麒苦苦求饶，林日瑞的副手郭天吉看不过去，劝道：“大人，此等人杀之有污刀斧，不如暂且监禁，等叛军来攻时，再在两军阵前用来祭旗。”
林日瑞想了想，倒也不忙先杀他，到时等唐军来了，在两军阵前斩杀，也可激励士气，便道：“好吧，先把他押下去，严加看管。”
杨麒象死狗一样被拖了出去，丢进了大牢，暂时保住了性命，林日瑞在杨麒拖下去后，忧心忡忡，以前敌人再多，有后方源源不断的支援，依靠完善的城防，他从没怀疑敌人可以从他手中攻下关隘。
可现在敌人从后方来，嘉峪关再险，没有了补给也只会活活困死，何况嘉峪关主要是防备外面的游牧民族，面对后方来的袭击，却并非那么牢不可破，林日瑞只得吩咐所有人加紧修建防御工事，随时准备迎战来犯的唐军。
可他们等来的却不是唐军，竟然还是蒙古人的侵袭，崇祯八年的六月，原林丹汗的手下大将贵英率军一万人再次进犯嘉峪关。
林丹自从被皇太极击败后，率众十余万人逃亡，到达青海后，尚有二万精锐战士，林丹还想依靠这两万战士东山再起，为了能够笼络住人心，他只得向嘉峪关进攻，可是面对这天下第一雄关，林丹只能损兵折将，眼看部众越来越少，再也没有机会向他的大敌皇太极寻仇了，林丹一病不起，丢下了他重建大蒙古的希望，撒手而归。
林丹的部众由他手下大将贵英接管，此时离林丹逃到青海已有两年了，他们以前带过去的各种日用品早已用完，其它东西尚可忍受，唯有盐茶两项不可或缺，没有茶叶，肚里的油腻不能去除，长期会造成便秘，拉稀，没有盐，会变得手软脚软，全身都没有力气。
但嘉峪关的可怕已让蒙古人有了恐惧心里，林丹汗数次率军也没有攻下，他们更不敢造次，他们只能依靠走私贩子运来的少量盐茶苦苦支撑，到现在再也支撑不下去，没有这两样东西，他们只能慢慢等死，那还不如博一把，能死在马背上也算死得其所。
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