多尔衮和山本五十七一拍即合，两人都想灭掉明军，山本五十七为了迷惑多尔衮，故意提出想要明人福建，浙江，广东三地，做出想和多尔衮平分天下的假象，多尔衮心知肚明，也就假意应下来。
达成协议以后，多尔衮下令让东瀛军队入关，山本五十七下令第一师团全军入关，并且将组建的朝鲜师团也带上一起入关作战。
东瀛军队入关以后，直奔京城，在京城和八旗兵混在一起，山本五十七美名曰熟悉联合作战，多尔衮也希望这样，让东瀛军队散开在京城，总比集结在一起好得多，两支军队在京城混了一段时间，然后两人同时下令，出兵江南。
博罗率领中路军从南直隶进攻，鳌拜率领西路军从浙江进攻，东瀛军队作为辅助军队，在绿营兵和八旗兵打不开局面下，发动最后一击，两只联合军队势如破竹，唯一没有东瀛军队支援的八旗兵，是尼堪这一路军队。
因为尼堪在之前就率军进入湖广，在湖广等地打的明军满地找牙，尼堪觉得不解气，竟然率领大军南下，突入到湖广南部，广西北部和贵州东部交界地带，这里是大西军和秦军的地盘。
大西军是八旗兵手下败将，明军也只有秦军等少数军队是精锐，其余明军就是一群乌合之众，尼堪带领五千八旗兵，还有一万绿营兵继续南下，打到广西边境，将驻守在这里的明军打的干干净净。
尼堪在进攻明军中，不断地招降，兵力从一万五千余人，竟然翻了数倍，这一路鞑子军让广西朝廷震惊，瞿式耜连忙下令焦琏领兵去和你看作战，而在这时候，他又接到鞑子全线进攻，被迫将焦琏撤回来，由其他将领去抵挡尼堪进攻，主力部队北上和进攻南直隶的博罗大军决战，另外一路明军也立即撤回福建，在郑成功带领下和鳌拜大军激战。
瞿式耜在桂平城调兵遣将，最后却悲哀的发现将焦琏部兵马调到南直隶作战，其他军队去边境线和尼堪作战，手头上几乎无可用之兵，这时候要是有一支军队偷袭广西，将会给朝廷带来毁灭性打击，瞿式耜无比怀念秦楚和他麾下那支军队，可惜两人关系破裂，那支军队也不再听从的指挥。
瞿式耜在桂平城积极组建新军，而在此时，一只衣衫破烂的军队从广西十万大山钻出来，竟然是第三师团参谋长土屋肥，他带着五百部下撤回广东，在路上听说惠州府大本营被明军围攻，师团主力部队被明军歼灭，他们这点兵马回去也无济于事，于是在土屋肥带领下，这群残兵败将钻进深山老林，一方面继续聚拢残兵，另一方面积极关注华南等地局势，等待合适时机给明人致命一击。
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