不过清军的数量显然出乎他的预料之外，从池州府、宁国府以及江北偷渡而来的清军数量多得不像话，看样子几有六七万人。而且，在江面上巡逻的海军炮艇报告，附近有清军水师活动的迹象——清军水师试图在江里打桩，以阻止东岸船队西上。
闻知这个消息的刘海洋不惊反喜，因为这意味着湖广战场上的清军兵力很可能被削弱了，他们之前高歌猛进的气势很可能会为之一挫，这对顺军收容亡散、重整部伍、修缮城防、调整部署有着极为关键的意义。
清军主力很快就从四面八方压向了小小的荻港，东岸不过三万出头的兵马不敢浪战，纷纷退避了回来，然后依托营寨和大炮与清军对峙。刘海洋深知自己此刻在荻港多待一分钟，就为湖广、江西战场上的明军、顺军多争取到了一分钟的时间，意义无比重大。于是，他再度在长江南岸当起了牛皮癣，隔着铁丝网、大木、水泥、夯土构筑的营寨，依托大炮、火枪和箭矢，与清军展开了无聊的对战。
8月20日，从下游朔江而上的阮进、洪习山二人带着数百艘船及大量物资抵达荻港。他俩路上在镇江一带再度击溃了清军江南水师的残余，俘获小船百余艘——当时这些清军居然在利用长江里的沙洲设置拦江铁索，也真是够有才的。与此同时，他们还从崇明沙带来了久违的宁波府的消息，即济尔哈朗很可能已经离开了杭州，驻扎在绍兴府、金华府、嘉兴府一带的清军兵力也有所减少，他们所往何处不言而喻。
援军和物资的到来极大地鼓舞了盟军官兵们的士气，他们打定主意与清军耗到底了。不光如此，这些已经尝到了甜头的家伙偶尔也会利用海军优势直扑北岸，然后袭击清军控制下的城镇——除一次失手损失了七百余士兵外都获得了成功，极大打击了清军的威信。
而清军在汇集了部分兵力后，从8月24日开始，便出动大队绿营开始进攻东岸人的营寨。他们的攻势从一开始的一两千人规模，到最疯狂的万人规模，前后共发动了六次，但每次都被东岸大军击退了。
9月8日，鉴于长期与清军厮杀之下弹药消耗过快，食品储备也下降到了警戒线，刘海洋开始下令撤退。而清军由于在攻城战中大量有生力量被东岸火炮杀伤，再加上天气炎热疫病横行，此时也陷入了攻击乏力的状态，再加上统兵大将耿仲明最近刚刚病倒，双方便很有默契地结束了这场消耗战。东岸人登船离去，清军接管营寨（可以对上面有所交代了），双方皆大欢喜。
从荻港撤退后东岸人也没有再做耽搁，他们只是在途径镇江江面时突击扫荡了一下躲藏在瓜洲渡的部分清军水师船只，打死打伤清兵数百人，然后又沿江发炮耀武扬威了一番，这才顺流而下抵达了崇明沙下锚休整，而这个时候已经是9月底了。
此战从仲春开始，至初秋结束，四万余盟军官兵在长江沿线纵横千里，攻破清军城镇无数，缴获了大量钱粮财货不说（当然人也没少捞），还毙伤俘清军约1.6万余人（战场上的统计，清军的伤病死或非战斗减员无法统计），自身的伤亡约在3500-4000人（包含了伤、病、亡以及被俘的少许人员），取得了1:4以上的交换比，算是在与清军交战中难得的大捷了——因为战场基本都落在了东岸人手里，这三四千人里面许多伤员后来都陆续归队了，因此实际交换比还要更高，而清军的伤员下场如何则不言而喻。
当然了，此战最大的成果既不是缴获的钱粮，也不是消灭的清军有生力量，而是通过大范围调动清军，从而给湖广战场上的顺军争取到了两到三个月的时间——在这段时间内，他们面对的清军压力实际上减少了不少，这对他们喘口气以调整部署、坚持抵抗有着极为重要的意义。只要他们不倒，那么清廷就始终得把大量精兵强将耗在湖广一带，这对于全国的抗清形势来说无疑是个重大利好。
10月初，大量东岸船只北上前往烟台检修、保养，准备开始一年一度的移民运输任务，而这，显然也意味着此次长江战役正式画上了一个句号。
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