太医院则设立正五品的医宗、从五品的大医师、正六品的一等医师、从六品的二等医师、正七品的一等医士、从七品的二等医士、正八品的三等医士、从八品的一等医生、正九品的二等医生、从九品的三等医生等十个等级的医官，并在民间采用天地良平四个等级区分医生的行医资格，至于院务，同样由院监和院丞等来负责。
在部，院，衙门之上，郑克臧还重新设置了政事堂，政事堂由首相、财相、兵相、律相和内相组成。财相在度支部、盐铁部以及国库、海关、税务诸衙门的尚书、会办大臣中产生；兵相由陆军部和水军部的尚书轮流担任；律相又叫法相，在大审院、监察院和警政、狱政两衙门的主官中挑选；內相则在内大臣中挑选；首相又分平章军国事和参知政事，前者为正，后者为副，各一员，一般参知政事由邮传部、水利部、学部、礼仪院等不出“相”的部院衙门主官出任，至于首相则在年老重臣中选择。平时各相独当一面，最多与首相商议政务，原来明清内阁的票拟权由各相分刮，以避免一人如张居正般独揽大权。但若遇到重大事件及国策拟定或需要多个部之间沟通处理的事情，则由首相召集在御前先召开政事堂会议解决。
除了这些行政方面的部门以外，郑克臧还将参谋厅改组为枢密院。枢密院设枢密使一人，副使二人，同知一到三人，佥事四人，同佥事三到五人，一等到四等赞画若干人。与宋代的枢密院由文官出掌不同，郑记枢密院是由武官掌握的，但其平时只有向最高统治者建议的权力，并无养军之财和调兵之权，完全听命于最高统治者本人并受制于文官掌握的陆军和水军两部，只有战时才经由最高统治者授权获得指挥部队的权力。
按照郑克臧的设计，今后在各省同样要设立起分院、分衙门、分部，各府、各县也要设置职能相同的地方机构，当然，名称不一定非要这么定，但划细条块，厘清部门间责任是肯定的。不过，由于眼下缺乏足够数目的合格官员，所以只能先中央后地方的搭起架子，离真正施行还有一段路要走。话说到这，有些东西又不能不说了，要是真的让郑克臧完成了政改，那离他建国立号也就指日可待了。
招讨大将军幕府重新组建完成之后，大都督府内的机构随即撤销，大都督府也就于朱明王朝的其他几个一样沦为了职官，而幕府职才真正是差遣。但郑克臧还不满足，因为这一套东西尚不能在地方上施行，于是他又在临近岁尾封印的前两天发布一道命令“附郭离城”作为他地方行政改革的开端。
所谓“附郭离城”也就是把所有在同一城区范围内的府县分开，由府来掌握城市的管理权，至于附郭的各县则移除城外另外选择县治。这样一来，虽然要花废相当数目的钱财来建设新的县城，但却可以成立新的商业中心，同时厘清管理范围---府县同城的时候，府常常侵占县对城市的管理权，而这一现象在两县同城的情况下更为明显---更为日后全国范围内的审判权改革做了铺垫。
也许是觉得单单一个“附郭离城”还不够，郑克臧又在后一天下达了“域名划一”的命令。要知道，在当时，县州府的名字是绝对不会搞错的，但是在县以下，各个地方的称谓不同，有称“都”、“图”，又称“乡”、“村”，也有称“堡”、“里”的，还有像东宁一样用保甲的，名目纷繁，不是熟稔的根本搞不清楚上下级关系。为了解决这个问题，郑克臧正式下令划一，县辖乡，乡辖保，保下牌甲，以此来增强县对乡村的控制。
几道命令下完了，没几天也就过年了，不过武定四年的正旦大朝却没有觉行，一方面武定帝已经病入膏肓了，另一方面郑克臧也不愿意再向朱明天子行礼叩拜，于是本该隆重举行的大朝仪不了了之，倒是夏王府里重演了当年安平城内的朝拜仪式??????
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